Náš výzkum je zaměřen na rozvoj, resp. optimalizaci všech kroků proteomické analýzy s cílem maximálního navýšení získané informace o analyzovaném vzorku. Dlouhodobě se zabýváme těmito tématy:
MALDI-MS profilování – vývoj nových technik přípravy vzorku umožňující rozlišení kmenů blízce příbuzných bakteriálních druhů; aplikace této techniky na jiné typy vzorků (např. sladové ječmeny, pavoučí jedy, bakteriofágy); vývoj metody pro rychlé MALDI-MS profilování N-glykanů umožňující rozlišení jednotlivých typů plicních nádorů.
Posttranslační modifikace histonů – rozvoj robustního “bottom-up” přístupu pro popis dynamiky histonových modifikací, zejména acetylací, metylací a fosforylací; optimalizace tohoto postupu pro analýzu rostlinných vzorků.
Programové nástroje pro zpracování proteomických dat - vývoj postupů pro zpracování dat v prostředí platformy Knime s využitím technologie softwarových kontejnerů. Programy jsou k volnému použití k dispozici na https://github.com/OmicsWorkflows.
Naši expertízu aplikujeme v rámci spoluprací na širokém spektru výzkumných témat. Například:
Proteomika pylu – spolupráce s týmem Davida Honyse z Ústavu experimentální botaniky, Akademie věd České republiky zabývající se studiem buněčné komunikace během pohlavní reprodukce rostlin.
Charakterizace Dishevelled proteinů – spolupráce s týmem Vítězslava Bryji z Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity zabývající se charakterizací posttranslačních modifikací DVL proteinů hrajících klíčovou roli v Wnt signálních drahách.
